11개 세법 개정안 9월 3일까지 국회 제출…상장주식 평가방식은 정기국회서 추가 논의

정부가 ‘2026년 세제개편안’ 정부안을 최종 확정하면서 주택 보유자의 관심이 높은 종합부동산세 개편 방향도 윤곽을 드러냈다.  실거주 1세대 1주택자의 종부세 기본공제액은 현행 12억원에서 14억원으로 높이되, 비거주 1주택자의 기본공제액은 현행 12억원을 유지한다. 당초 200%로 상향하려던 종부세 세부담 상한 역시 현행 150%로 유지하기로 했다.

정부는 지난 8월 3일 ‘2026년 세제개편안’을 발표한 뒤 국세기본법과 국세징수법, 조세특례제한법, 국제조세조정에 관한 법률, 소득세법, 법인세법, 상속세 및 증여세법, 종합부동산세법, 부가가치세법, 농어촌특별세법, 관세법 등 11개 세법 개정법률안에 대한 후속 절차를 진행했다.

8월 4일부터 14일까지 부처 협의를 진행했고, 8월 4일부터 20일까지 입법예고를 실시했다. 

이어 8월 27일 차관회의를 거쳐 9월 1일 국무회의에서 정부안을 최종 확정했다.

입법예고와 부처 협의 과정에서 제기된 의견도 상당 부분 반영됐다. 특히 종합부동산세와 국민 자산형성 지원, 지방 투자, 인적용역 사업자의 원천징수, 도시철도 건설사업 등 국민과 기업에 직접적인 영향을 미치는 내용을 중심으로 당초안이 조정됐다.

실거주 1주택 종부세 기본공제 14억원…비거주는 12억원 유지

이번 세제개편안에서 가장 눈에 띄는 부분은 주택분 종합부동산세 기본공제금액 조정이다.

주택분 종부세 과세표준은 주택 공시가격 합산액에서 기본공제금액을 차감한 뒤 공정시장가액비율을 적용해 산정한다. 

기본공제금액이 높아질수록 종부세 과세표준이 줄어드는 구조다.

1세대 1주택자의 경우 실제 거주하는 주택은 기본공제금액을 현행 12억원에서 14억원으로 높이는 방안을 그대로 추진한다. 실거주 1주택자의 세 부담을 완화하겠다는 정책 방향이 유지된 것이다.

반면 비거주 1세대 1주택자에 대해서는 당초안보다 세 부담 조정 폭을 크게 낮췄다.

정부는 당초 비거주 1주택자의 기본공제금액을 현행 12억원에서 9억원으로 낮추는 방안을 제시했다. 

그러나 입법예고와 부처 협의 과정에서 제기된 의견을 반영해 최종안에서는 현행 12억원을 그대로 유지하기로 했다.

이에 따라 실거주 여부에 따른 1세대 1주택자의 종부세 기본공제는 실거주자의 경우 14억원, 비거주자의 경우 12억원으로 각각 적용하는 방향으로 정리됐다.

정부는 1세대 1주택자의 종합부동산세 부담을 조정하기 위한 조치라고 설명했다.

부부 공동명의 1주택도 조정…비거주자는 각각 6억원 공제

부부가 공동명의로 1주택을 보유한 경우 적용하는 종부세 기본공제금액 역시 당초안에서 수정됐다.

대상은 공동명의 1주택자 특례를 신청하지 않은 경우다.

실거주 부부 공동명의 1주택자는 현행과 마찬가지로 부부 각각 9억원씩 기본공제를 적용한다. 이 부분은 당초안과 최종안 모두 변화가 없다.

반면 비거주 부부 공동명의 1주택자의 공제금액은 조정됐다.

정부는 당초 부부 각각 9억원이던 기본공제금액을 각각 4억원으로 낮추는 방안을 제시했다. 그러나 최종안에서는 인하 폭을 완화해 부부 각각 6억원으로 결정했다.

결과적으로 부부 공동명의 1주택자는 실거주 여부에 따라 기본공제금액이 달라진다. 실거주자는 부부 각각 9억원의 공제를 유지하고, 비거주자는 각각 6억원을 적용받는 방향이다.

정부는 이 역시 1세대 1주택자와 부부 공동명의 1주택자의 종합부동산세 부담을 조정하기 위한 결정이라고 설명했다.

종부세 세부담 상한 150% 유지…200% 인상안 철회

종합부동산세 세부담 상한도 현행 수준을 유지하기로 했다.

종부세 세부담 상한은 전년도 보유세에 비해 해당 연도 보유세가 급격하게 증가하는 것을 방지하기 위한 장치다. 직전 연도의 재산세와 종합부동산세를 합한 총 보유세 상당액을 기준으로 일정 비율까지만 세 부담이 증가하도록 제한한다.

현행 세부담 상한은 150%다.

정부는 당초 주택분과 토지분 종부세 세부담 상한을 현행 150%에서 200%로 높이는 방안을 추진했다. 해당 방안이 적용될 경우 전년도보다 보유세 부담이 더 큰 폭으로 늘어날 수 있다는 점에서 주택과 토지 보유자들의 관심이 컸다.

그러나 정부는 입법예고와 부처 협의를 거친 뒤 세부담 상한을 올리지 않기로 했다. 최종 정부안에서는 현행 150%를 그대로 유지한다.

이에 따라 종부세 기본공제금액뿐 아니라 세부담 상한에서도 당초 개편안보다 부담 증가 폭을 줄이는 방향으로 정부안이 조정됐다.

이번 종부세 수정안은 실거주 1주택자에 대한 공제 확대라는 기본 방향은 유지하면서 비거주 1주택자와 공동명의자의 세 부담 변화 폭은 완화한 것이 특징이다.

ISA 계약기간·납입한도 현행 유지…자산형성 지원 강화

종부세와 함께 관심을 끈 개인종합자산관리계좌(ISA) 개편 방안도 당초안에서 상당 부분 수정됐다.

정부는 당초 ISA의 최초 계약기간을 3년으로 하고 총 계약기간을 5년으로 제한하는 방안을 제시했다. 현행 ISA는 최소 계약기간이 3년이지만 최대 계약기간에는 제한이 없다.

납입한도는 연간 2000만원, 총 1억원으로 유지하되 해당 연도에 사용하지 않은 납입한도를 다음 연도로 이월할 수 없도록 하는 방안도 포함했다.

또 ISA 제도에 2029년 12월 31일까지 일몰기한을 두는 방안도 당초 정부안에 담겼다.

그러나 최종 정부안에서는 계약기간과 납입한도, 미사용 납입한도의 이월, 일몰기한 등을 모두 현행대로 유지하기로 했다.

이에 따라 일반 ISA는 현행과 마찬가지로 최소 계약기간 3년을 적용하지만 최대 계약기간에는 제한을 두지 않는다. 연간 납입한도 2000만원과 총 납입한도 1억원도 유지된다.

해당 연도에 사용하지 않은 납입한도는 다음 연도로 이월할 수 있다. 별도의 일몰기한도 설정하지 않는다.

정부는 이 같은 수정의 배경으로 국민의 자산형성 지원을 제시했다.

생산적금융 ISA 지원 확대…최대 계약기간 제한 없앤다

새롭게 도입되는 생산적금융 ISA도 당초안보다 지원 범위가 확대됐다.

당초 정부안은 최초 3년 계약을 기본으로 하되 총 계약기간을 10년으로 제한하는 내용을 담았다. 연간 납입한도는 2000만원, 총 납입한도는 2억원으로 정하고 사용하지 않은 연간 납입한도는 이월할 수 없도록 했다.

일몰기한은 2029년 12월 31일로 설정할 예정이었다.

하지만 최종안에서는 생산적금융 ISA의 최소 계약기간을 3년으로 하되 최대 계약기간 제한을 없앴다. 

현행 일반 ISA와 같은 구조로 운영하는 방향이다.

연간 납입한도 2000만원과 총 납입한도 2억원은 유지한다. 다만 사용하지 않은 연간 납입한도는 다음 연도로 이월할 수 있도록 변경했다.

2029년 말로 설정하려던 일몰기한도 삭제했다.

이자·배당소득에 대한 비과세 특례 역시 그대로 유지된다.

일정 소득 이하의 청년 가입자를 대상으로 납입금의 10%를 소득공제하는 ‘청년형 ISA’ 지원도 예정대로 추진한다.

특히 청년층 자산형성과 관련해 당초 청년형 ISA와 청년미래적금의 중복 가입을 허용하지 않으려던 방침도 변경했다. 최종안에서는 두 상품에 동시에 가입할 수 있도록 했다.

정부는 생산적금융 ISA의 지원 범위를 넓혀 국민의 장기 자산형성을 지원하는 동시에 국내 자본시장 활성화를 유도한다는 방침이다.

지방이전·특구 입주 기업 세제지원 환류기간 조정

지방으로 이전하는 기업과 특구에 입주하는 기업에 적용되는 세제지원 환류 의무도 손질됐다.

당초안에서는 지방이전 및 특구입주 세제지원의 환류기간을 ‘감면기간’으로 설정했다. 환류액은 농어촌특별세를 제외한 감면세액의 30%다.

최종안에서는 환류기간의 시작 시점을 보다 구체화했다.

지방 이전과 특구 입주·창업·사업장 신설 또는 사업용 유형자산에 대한 투자를 시작한 과세연도부터 감면기간의 마지막 과세연도까지를 환류기간으로 정하기로 했다.

사업용 유형자산의 구체적인 범위는 대통령령에서 규정한다.

환류액은 기존 정부안과 동일하게 농어촌특별세를 제외한 감면세액의 30%를 적용한다.

정부는 지방 이전이나 특구 입주에 앞서 투자가 이뤄지는 과세연도도 환류기간에 포함하기 위해 기준을 조정했다고 설명했다.

인적용역 사업자 원천징수세율 3%→2%…일부 업종 제외

인적용역 사업자의 사업소득에 적용하는 원천징수세율 인하 방안도 적용 대상이 조정됐다.

정부안의 기본 방향은 인적용역 사업자의 원천징수세율을 현행 3%에서 2%로 낮추는 것이다.

다만 연말정산을 적용받는 일부 인적용역 사업자는 현행 3%의 세율을 유지한다.

당초안에서는 간편장부대상자인 보험판매업자와 방문판매업자, 음료품배달원에 대해 현행 세율을 그대로 적용하기로 했다.

최종안에서는 간편장부대상자 여부와 관계없이 보험판매업자와 방문판매업자, 음료품배달원은 현행 3%의 원천징수세율을 유지하도록 범위를 조정했다.

정부는 납세협력비용을 고려해 현행 세율 유지 대상 범위를 합리적으로 조정한 것이라고 설명했다.

도시철도 건설용역 부가세 영세율 경과조치 확대

도시철도 건설용역에 적용하는 부가가치세 영세율의 경과조치 대상도 확대된다.

정부는 도시철도 건설용역에 대한 부가가치세 영세율 적용기한이 종료되는 데 따라 법 개정 이후에도 일정 요건을 갖춘 사업에는 종전 규정을 적용하는 경과조치를 마련하고 있다.

신규 건설 사업의 경우 준공 때까지 영세율을 적용한다.

민자사업은 당초 2026년 12월 31일 이전에 실시협약을 체결한 사업을 대상으로 할 예정이었다.

그러나 최종안에서는 적용 범위를 확대해 2026년 12월 31일 이전에 타당성 분석 또는 제안서 검토가 완료된 사업까지 경과조치 대상에 포함하기로 했다.

재정사업 역시 적용 기준이 확대됐다.

당초에는 2026년 12월 31일 이전에 사업계획 또는 실시계획이 승인된 사업을 대상으로 했다.

최종안에서는 2026년 12월 31일 이전에 기본계획이 고시되고 2027년 12월 31일 이전에 사업계획 또는 실시계획이 승인된 사업까지 적용 대상을 넓혔다.

개량·증설 사업의 경우 2027년 12월 31일 이전 공급분에 영세율을 적용하는 방안은 그대로 유지한다.

정부는 이미 추진 중인 도시철도 사업에 대해서도 부가가치세 영세율을 적용할 수 있도록 경과조치 범위를 넓혔다고 설명했다.

11개 세법 개정안 9월 3일까지 국회 제출

정부는 국무회의에서 의결된 11개 세법 개정법률안을 오는 9월 3일까지 국회에 제출할 예정이다. 이후 정기국회에서 본격적인 심사 절차가 진행된다.

대상 법률은 국세기본법, 국세징수법, 조세특례제한법, 국제조세조정에 관한 법률, 소득세법, 법인세법, 상속세 및 증여세법, 종합부동산세법, 부가가치세법, 농어촌특별세법, 관세법 등이다.

상장주식 평가방법 개선 문제는 국회 심사 과정에서 추가로 논의될 예정이다.

정부는 이번 세제개편안에 포함된 이른바 ‘주가 누르기’에 해당하는 상장주식 평가방법 개선에 대해서는 당·정 간 논의와 충분한 의견 수렴을 거쳐 정기국회 심사 과정에서 합리적인 개선방안을 마련한다는 입장이다.

이번 정부안 확정으로 주택 보유자들의 세 부담과 직접 연결되는 종합부동산세 개편 방향은 상당 부분 구체화됐다.

핵심은 실거주 1주택자에 대한 우대 기조다.  실거주 1세대 1주택자의 기본공제액을 14억원으로 높이는 방침을 유지하면서도 비거주 1주택자에 대해서는 당초 예정했던 공제 축소를 철회하고 현행 12억원을 유지했다.

부부 공동명의 비거주 1주택자의 공제금액도 당초 각각 4억원까지 줄이려던 방안에서 각각 6억원으로 조정했다. 

종부세 세부담 상한 역시 200%로 올리려던 계획을 철회하고 현행 150%를 유지했다.

결국 이번 수정안은 실거주 1주택자의 세 부담 완화를 강화하면서도 비거주자와 공동명의자에게 발생할 수 있는 급격한 세 부담 증가를 일부 완화한 것으로 평가할 수 있다.

다만 이번 세제개편안은 정부안이 확정된 단계다. 실제 제도가 시행되기 위해서는 국회의 법률안 심사와 의결 절차를 거쳐야 한다.

특히 종합부동산세는 주택 보유자의 세 부담에 직접 영향을 미치는 만큼 향후 정기국회 심사 과정에서 공제금액과 세부담 상한 등 세부 기준이 다시 논의될 가능성이 있다.

주택 보유자와 부동산 시장 참여자들은 정부안 확정 자체보다 앞으로 이어질 국회 논의와 최종 법률안의 내용에 주목할 필요가 있다. ISA 가입자와 기업, 인적용역 사업자, 도시철도 사업자 역시 국회 심사 과정에서 제도가 추가 조정되는지를 지속적으로 살펴봐야 한다.